Недра Горной Шории богаты различными полезными ископаемыми. Среди них важнейшее место занимают залежи железных руд.
В пределах Горно-Шорского горнорудного района расположено восемь месторождений железных руд. В геолого-географическом отношении эти месторождения образуют три группы – Кондомскую, Тельбесскую и Ташелгинскую. Ведущей группой по запасам железных руд является Кондомская. В ее состав входят наиболее крупные месторождения: Таштагольское, Шерегешское и Кочуринское, расположенные в южной части Горной Шории, в бассейне верхнего течения реки Кондомы.
Руды магнетитового типа хорошо поддаются обогащению. Значительная часть руды имеет высокое содержание железа и совсем небольшое – серы. Содержание железа в рудах Таштагольского месторождения доходит до 45 %, имеются примеси свинца, цинка, кобальта и меди, что повышает ценность руды.
Железорудные месторождения – Казское, Темиртауское, Артыштаг, Сухаринское, Самарское, Пыхтун составляют основу Тельбесской группы месторождений. Ташелгинская группа месторождений расположена в северной части Горной Шории между реками Томь и Мрассу. Содержание железа в руде высокое. 
В рудах присутствуют свинец, цинк, медь, ванадий. Ценным полезным ископаемым края является золото. Основным золотодобывающим предприятием на территории г.Таштагола является прииск "Алтайский”. На предстоящее пятилетие главным остается добыча россыпного золота дражным способом из техногенных россыпей юга Горной Шории и Республики Алтай, а также на россыпях, которые будут доразведаны (Бол. Речка, Сынзыс и притоки р. Кабырзы).
В рудах присутствуют свинец, цинк, медь, ванадий. Ценным полезным ископаемым края является золото. Основным золотодобывающим предприятием на территории г.Таштагола является прииск "Алтайский”. На предстоящее пятилетие главным остается добыча россыпного золота дражным способом из техногенных россыпей юга Горной Шории и Республики Алтай, а также на россыпях, которые будут доразведаны (Бол. Речка, Сынзыс и притоки р. Кабырзы).Район располагает значительными неметаллическими и нерудными минерально-сырьевыми ресурсами. Наибольшее промышленное значение представляет Горно-Шорский фосфоритоносный бассейн, расположенный в 25 километрах к востоку и юго-востоку от города Таштагола в бассейне реки Мрассу. Крупным месторождением в нем является Белкинское – в среднем течении реки Пызас. Разведанные запасы его определены по карстовым фосфоритам в 24,8 миллиона тонн, а по пластовым – в 146 миллионов тонн. Фосфориты карстового происхождения весьма ценны, они содержат до 18-26 % пятиокиси фосфора, пригодны для непосредственной переработки их в фосфорную муку.
В верховьях реки Камзас в районах Патынского массива и горы Большая Куль-Тайга залегают апатиты. Доломиты, широко используемые в черной металлургии в качестве флюсов, представлены двумя месторождениями. Основным из них считается Большая гора (пгт.Темиртау). Другое месторождение – Таензинское, находится рядом с рудником в пгт. Шерегеш.
