Реки, берущие начало в Горной Шории, представляют собой типичные горные водотоки с порожистым и валунистым руслом, бурно и стремительно несущиеся в глубоко врезанных каньонообразных, петляющих долинах. Питание рек в основном смешанного типа; оно идет главным образом за счет талых вод сезонных и высокогорных снежников и ледников и в меньшей степени за счет дождевого стока и подземных вод.

Основными водными артериями района, являются реки: Кабырза, Тельбес, Мрас-Су, Мундыбаш, и основная река Горной Шории Кондома (392 км.). Практически на всем протяжении река имеет отвесные, скалистые берега, изрезанные ручьями и оврагами, с периодически расширяющейся поймой и многочисленными перекатами и порогами. Уровень реки резко колеблется в меженный период и в паводок. У крупных рек, коей является Мрас-Су - (338 км. протяженность реки), уже в среднем течении местами хорошо выделяются надпойменные террасы весьма удобные для биваков и для размещения населенных пунктов. Видно, что не одно столетие они использовались в хозяйственной деятельности (заметна таежная окультуренность территории).

Обилие осадков приводит к превращению Горной Шории в область питания наземного и подземного стока. Именно это сделало Мрас-Су с ее притоками главным поставщиком воды в реку Томь. А значительная роль снегового питания рек Горной Шории и Кузнецкого Алатау – относит их к рекам с многофазным продолжительным весенним паводком, который и используют туристы-водники для совершения спортивных сплавов начиная с конца апреля по середину июня, именно это время самый уровень воды в наших реках.